1 września 1939 r. dzieci do szkoły nie poszły. Wybuchła II wojna światowa. Zajęcia rozpoczęły się 4 października. „Do dnia 20 I 1940 r. nauka była prowadzona bez zmian w obowiązującym do tego czasu programie nauczania wyeliminowana była tylko nauka historii, a godziny przewidziane na naukę historii przeznaczono na nauczanie języka polskiego. 1 XII 1941 r. zebrano i odstawiono książki biblioteczne i podręczniki szkolne t.j. do języka polskiego, geografii i historii. Część podręczników jednak zdołano ukryć i wykorzystano w nauce. Od 1941 r. okupant narzucił podręcznik do nauki języka polskiego „Ster”. Nauka odbywała się w miejscowym lokalu szkolnym”. Wspomniany tu “podręcznik” miał formę wydawanego co miesiąc periodyku. Zawierał on wierszyki i opowiadanka o bardzo niskim poziomie dydaktycznym, a wychowawczo-właściwie obojętne, jednak kładące nacisk na prohitlerowską propagandę. Lansowano niemieckie nazwy geograficzne, życiorysy sławnych Niemców, wizję historii i kultury według niemieckich wzorców. Te same czytanki przeznaczone były dla wszystkich dzieci-a więc uczeń klasy VII czytał to samo co uczeń w klasie III, jedynie zalecano „specjalny sposób podejścia w związku z wiekiem i materiałem programowym”.
Ani nauczyciele, ani uczniowie nie chcieli się jednak pogodzić z narzuconą polityką oświatową. Pod pozorem wypełniania nakazów prowadzono tajne nauczanie-pomimo najsurowszych kar, jakie za to groziły. Ani represjami, ani policyjnymi nakazami i kontrolami nie zdołano zniszczyć w Polakach potrzeby wychowywania w duchu patriotyzmu i polskości. „Dnia 9 IX 1941 r. wizytował szkołę radca szkolny; o jego przyjeździe zawiadomiono Kier. parę minut przedtem i radca nie zastał „nic zakazanego”. W ramach szkoły jawnej prowadzono historię i geografię w kompletach według programu przedwojennego” (chodzi tu o tajne nauczanie prowadzone w czasie oficjalnych lekcji). P. Gortrenówna Janina prowadziła nauczanie indywidualne i w kompletach, 3 uczniów przygotowała do gimnazjum. Indywidualne nauczanie prowadziła p. Gortren w swoim prywatnym mieszkaniu i we dworze”.
Nie wiemy, w jakim stopniu prowadzone w Łańcuchowie tajne nauczanie podlegało akcji prowadzonej przez konspiracyjne władze oświatowe. W Generalnym Gubernatorstwie w wyniku zorganizowanego tajnego nauczania co najmniej 30% uczniów mogło uzupełniać swoją wiedzę o zakazane przez okupanta treści i przedmioty. Kronika jest świadectwem, że w Łańcuchowie dzieci też miały taką możliwość.
Kronika rejestruje również przykłady zrozumienia sytuacji szkół ze strony miejscowej społeczności oraz wielkiej pomocy i poświęcenia, jakie świadczono na rzecz szkoły w tych czasach. Powszechne były wtedy problemy lokalowe szkół i zimowe przerwy w nauce spowodowane brakiem opału. Przypadki takie nasiliły się po wybuchu wojny ze Związkiem Radzieckim. Przykładowo w raporcie konspiracyjnych polskich władz szkolnych rządu londyńskiego stwierdza się, że w 1942 roku w okręgu warszawskim utracono z powodu braku opału ok. 35% dni nauki, a w następnym roku zamkniętych było ok. 40-50% szkół. Problem ten wystąpił też w Łańcuchowie. „Od dnia 10 I 1943 do 3 II, według rozporządzenia, ze względu na oszczędności opału była przerwa w nauce. Ludzie chętnie dawali opał i innych przerw z tego powodu nie było . W r. 1942 od 24 maja do 22 czerwca wojsko niemieckie zajęło budynek, nauka jednak odbywała się w domu gospodarza Michalskiego Jana w Wólce, który oddał na ten cel izbę swoją bezpłatnie”.
Wojna pozostawiła po sobie ślady, które trudno było od razu zatrzeć.
W szkole w Łańcuchowie dokonała wielu zniszczeń. Stracono dużą część wyposażenia, zniszczono wiele pomocy dydaktycznych. Kierowniczka tak określa stan szkoły w 1944 roku: „W czasie pobytu wojsko zniszczyło całkowicie 10 ławek dużych , 8 częściowo. Pomocy naukowych szkoła posiada mało. Z posiadanych obrazów i ilustracji do nauki j. polskiego, historii i geografii w czasie okupacji oddano około 50%,a z 50% ukrytych około 20% uległo częściowemu zniszczeniu . Map ściennych jest 5: Azji, Australii, Afryki, Ameryki Płd. w zupełnie dobrym stanie. Do nauki fizyki pomocy i przyrządów nie ma wcale” .
Na zdjęciu: arkusz ocen i świadectwo świadectwo szkolne z czasów okupacji.
Świadectwo ze zbiorów Adama Maciejewskiego.